Gli umani del futuro sono stati divisi in Validi e Non Validi a seconda del DNA che possiedono. Quelli appartenenti al secondo gruppo, non essendo stati geneticamente modificati, sono considerati degli esseri inferiori. Vincent Freeman, ribelle dei Non Validi nato in seguito a un rapporto d'amore e non in provetta, è pronto a qualunque cosa pur di esplorare le galassie e di raggiungere Titano. Decide allora di scambiare la sua identità con quella di Jerome Morrow, che, in seguito a un incidente, cerca di aiutarlo a partire. Durante la missione viene ucciso uno dei capi e le accurate indagini svelano, a bordo della navicella spaziale, la presenza di un intruso che va assolutamente eliminato...